International Journal of Reproductive BioMedicine

en استراتژی های تجزیه و تحلیل توالی یابی اگزوم در خانواده هایی با مردان نابارور Strategies for whole-exome sequencing analysis in a case series study of familial male infertility Reproductive Genetics Original Article Original Article مقدمه: ناباروری یکی از مسائل بهداشت عمومی در سراسر جهان است. شیوع ناباروری در زوجین حدود 30 تا 35 درصد است. در میان فاکتورهای متعددی که منجر به ناباروری مردان می شوند، 15% موارد منشاء ژنتیکی دارند. توالییابی کل اگزونها (اگزوم) یکی از کارآمدترین روشها در تشخیصهای بالینی است. با استفاده از این روش به طور چشمگیری روندشناسایی ژنهای دخیل در ناباروری به طور چشمگیری افزایش یافته است. در میان استراتژیها متعدد آنالیز دادههای اگزوم، رویکردهای مبتنی بر خانواده دقت بالاتری در شناسایی ژنهای کاندید دارند. با این حال در مطالعات ناباروری انتخاب نمونه مناسب برای توالییابی یکی از چالشهای اصلی میباشد. هدف: هدف از این مطالعه شناسایی جهشهای عامل ناباروری مردان در بیماران مبتلا به آستنوزواسپرمیا است. مواد و روش ها: دو خانواده با چندین مرد نابارور مبتلا به آستنوزواسپرمیا فراخوانده شدند. در این مطالعه از روش توالییابی اگزوم به منظور تولید داده در دو فرد نابارور و والدینشان در خانواد I و سه فرد نابارور در خانواده II استفاده شد. به منظور شناسایی ژنهای کاندید دو نرم افزار مختلف SAMtools و GATK در دو استتراتژی SSCS و MSCS به کار برده شدند. نتایج: در این تحقیق بدون توالییابی برادران بارور در شجرهنامهها، نتایج الویتبندی دادههای WES با استفاده از دو استراتژی هموزیگوسیتی و آنایز پیوستگی ارائه شده است. نتیجه گیری: از طریق استراتژیهای ذکر شده لیست کوتاهی از واریتههای کاندید در هر دو شجرهنامه بدست آمد. Background: Infertility is one of the common health issues around the world. The prevalence of male factor infertility among infertile couples is approximately 30%-35%, of which genetic factors account for 15%. The family-based whole-exome sequencing (WES) approach can accurately detect novel variants. However, selecting an appropriate sample for data generation using WES has proven to be challenging in familial male infertility studies. The aim of this study was to identify types of pathogenic male infertility in cases of familial asthenozoospermia. Case: Two families with multiple cases were recruited for the purpose of WES. The study population included two affected cases in pedigree I and three affected cases in pedigree II. Two different variant callers (SAMtools and GATK) with a single-sample calling strategy (SSCS) and a multiple-sample calling strategy (MSCS), were applied to identify variant sites. Conclusion: In this study, we represented the results for variant prioritization of WES data without sequencing fertile siblings in the same pedigree by applying two different pipelines (homozygosity and linkage-based strategy). Using the aforementioned strategies, we prioritized annotated variants and generated a logical shortlist of private variants for each pedigree.   ناباروری مردان, توالی یابی اگزوم, GATK, SAMtools. Male infertility, Whole-exome sequencing, GATK, SAMtools. 375 384 http://ijrm.ir/browse.php?a_code=A-10-781-1&slc_lang=en&sid=1 Masomeh Askari masomeasgari89@gmail.com 0000-0002-4144-8958 No Department of Biology, Sistan and Baluchestan University, Zahedan, Iran. Dor Mohammad Kordi Tamandani dor_kordi@science.usb.ac.ir 0000-0002-4358-4785 Yes Department of Biology, Sistan and Baluchestan University, Zahedan, Iran. Navid almadani navidalmadani@yahoo.com 0000-0003-2715-5646 No Department of Genetics, Reproductive Biomedicine Research Center, Royan Institute for Reproductive Biomedicine, ACECR, Tehran, Iran. Mehdi Totonchi m.totonchi@royaninstitute.org 0000-0002-7285-3155 No Department of Genetics, Reproductive Biomedicine Research Center, Royan Institute for Reproductive Biomedicine, ACECR, Tehran, Iran. Department of Stem Cells and Developmental Biology, Cell Science Research Center, Royan Institute for Stem Cell Biology and Technology, ACECR, Tehran, Iran.