International Journal of Reproductive BioMedicine

en تجزیه و تحلیل مبتنی بر ترانسکریپتومیک بافت‌های آندومتر از بیماران آدنومیوز، نشانگرهای زیستی التهابی قابل توجهی را نشان می‌دهد: یک مطالعه بیوانفورماتیک Transcriptomic-based analysis of endometrial tissues from adenomyosis patients reveals significant inflammation biomarkers: A bioinformatics study Reproductive Pattology Original Article Original Article <div style="text-align: justify;">مقدمه: آدنومیوز یک اختلال زنان و زایمان است که با وجود بافت آندومتر در میومتر مشخص می‌شود و میزان بروز آن در بین زنان در سن باروری بین 65-10% متغیر است. هدف: در این مطالعه از تجزیه و تحلیل ترانسکریپتومیک برای شناسایی نشانگرهای زیستی قابل توجه مرتبط با التهاب در بافت آندومتر متعلق به بیماران مبتلا به آدنومیوز استفاده شد. مواد و روش ها: در این مطالعه بیوانفورماتیک، ما از مجموعه داده‌های ترانسکریپتومیک در دسترس عموم استفاده کردیم. این تحقیق شامل تجزیه و تحلیل سیستماتیک داده‌های توالی‌یابی RNA به دست آمده از پایگاه داده NCBI-GEO بود. با استفاده از یک پایگاه داده توالی‌یابی RNA با توان عملیاتی بالا از GSE190580 و GSE157718، پروفایل‌های بیان ژن را بین بافت‌های آندومتر بیماران آدنومیوز و افراد سالم مقایسه کردیم. متعاقباً، مسیرهای دخیل در آدنومیوز از طریق دایره‌المعارف ژن‌ها و ژنوم‌های کیوتو Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes و هستی‌شناسی ژن gene ontology مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. نتایج: تجزیه و تحلیل مسیر، نشاندهنده  انحراف مسیرهای مرتبط با التهاب، از جمله سیگنالینگ فاکتور نکروز تومور (TNF) و پروتئین 1 مرتبط با Ras بود. علاوه بر این، تجزیه و تحلیل هستی‌شناسی ژن، فرآیندهای بیولوژیکی کلیدی، مانند تمایز ماکروفاژ و سازماندهی ماتریکس خارج سلولی را که در پاسخ التهابی در آدنومیوز نقش اساسی دارند، آشکار کرد. نشانگرهای زیستی کاندید، از جمله پروتئین کینازهای غشایی، به عنوان اهداف درمانی بالقوه شناسایی شدند. ما 5 ژن برتر که در التهاب در آدنومیوز نقش دارند، از جمله پروتئین 6 القا شده توسط TNF-α، متالوپروتئیناز ماتریکس 7، پروتئین 3 القا شده توسط TNF-α، فاکتور مهارکننده لوسمی و کیناز 1 تنظیمشده توسط سرم و گلوکوکورتیکوئید را یافتیم. اهمیت آماری با 05/0 > p تعدیل شده تعیین شد. نتیجه گیری: این یافته‌ها درک ما را از مکانیسم‌های مولکولی آدنومیوز افزایش می‌دهد و نشانگرهای زیستی جدیدی را برای استراتژی‌های تشخیصی و درمانی مؤثرتر پیشنهاد می‌کند.</div> <div style="text-align: justify;">Background: Adenomyosis is a gynecological disorder characterized by the presence of endometrial tissue within the myometrium, with incidence rates ranging from 10-65% among women of reproductive age. Objective: This study utilized transcriptomic analysis to identify significant biomarkers associated with inflammation in endometrial tissue from patients with adenomyosis. Materials and Methods: In this bioinformatics study, we utilized publicly available transcriptomic datasets. The research involved the systematic analysis of RNA sequencing data obtained from the NCBI-GEO database. Using a high-throughput RNA sequencing database from GSE190580 and GSE157718, we compared gene expression profiles between endometrium tissues of adenomyosis patients and healthy controls. Subsequently, pathways implicated in adenomyosis were analyzed through the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes and gene ontology. Results: Pathway analysis revealed the aberration of inflammation-related pathways, including tumor necrosis factor (TNF) and Ras-related protein 1 signaling. Furthermore, gene ontology analysis uncovered key biological processes, such as macrophage differentiation and extracellular matrix organization, which are central to the inflammatory response in adenomyosis. Candidate biomarkers, including transmembrane protein kinases, were identified as potential therapeutic targets. We found the top 5 genes that play a role in inflammation in adenomyosis, including TNF-α-induced protein 6, matrix metalloproteinase 7, TNF-α-induced protein 3, leukemia inhibitory factor, and serum and glucocorticoid-regulated kinase 1. Statistical significance was determined with adjusted p < 0.05. Conclusion: These findings enhance our understanding of the molecular mechanisms of adenomyosis and propose novel biomarkers for more effective diagnostic and therapeutic strategies.</div> آدنومیوز, بیوانفورماتیک, نشانگرهای زیستی, التهاب. Adenomyosis, Bioinformatics, Biomarker, Inflammation. 425 436 http://ijrm.ir/browse.php?a_code=A-10-2914-1&slc_lang=en&sid=1 Marni Sianturi fkmarni@gmail.com 0009-0007-7655-4578 No Master's Program in Biomedical Sciences, Faculty of Medicine, Universitas Riau, Pekanbaru, Indonesia. Alauddin Syaifulanwar syaifulanwaralauddin@gmail.com 0009-0009-2846-6957 No Master's Program in Biomedical Sciences, Faculty of Medicine, Universitas Riau, Pekanbaru, Indonesia. Darmawi Darmawi darmawi@lecturer.unri.ac.id 0000-0001-5018-2381 No Department of Histology, Faculty of Medicine, Universitas Riau, Pekanbaru, Indonesia. Wirawan Adikusuma adikusuma28@gmail.com 0000-0001-9165-690X No Department of Pharmacy, Universitas Muhammadiyah Mataram, Mataram, Indonesia. Lalu Muhammad Irham lalu.irham@pharm.uad.ac.id 0000-0002-0091-4887 No Department of Pharmacology and Clinical Pharmacy, Universitas Ahmad Dahlan, Yogyakarta, Indonesia. Muhammad Yusuf mhd.yus66@gmail.com 0009-0006-6891-1339 No Department of Obstetrics and Gynecology, Faculty of Medicine, Universitas Riau, Pekanbaru, Indonesia. Rifia Tiara Fani rifia.tiara@lecturer.unri.ac.id 0009-0007-8226-6070 No Department of Veterinary, Faculty of Medicine, Universitas Riau, Pekanbaru, Indonesia. Febriani Febriani febriani@lecturer.unri.ac.id 0000-0002-2821-7426 Yes Department of Obstetrics and Gynecology, Faculty of Medicine, Universitas Riau, Pekanbaru, Indonesia.