چهارشنبه 8 بهمن 1404
[Archive]
دوره 23، شماره 11 - ( 8-1404 )
جلد 23 شماره 11 صفحات 910-897 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Ethics code: IR.NUMS.REC.1402.002
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Babaei K, Morovat S, Mozdarani H, Naghdipour Mirsadeghi M, Mirhafez S R, Mirzajani E, et al . Integrative RNA‑seq analysis reveals immune‑related hub genes NR4A1 and FOSB in recurrent spontaneous abortion: A bioinformatics study. IJRM 2025; 23 (11) :897-910
URL: http://ijrm.ir/article-1-3457-fa.html
URL: http://ijrm.ir/article-1-3457-fa.html
تحلیل یکپارچه RNA seq نشاندهنده ژنهای هاب مرتبط با ایمنی NR4A1 و FOSB در سقط خودبهخودی مکرر: یک مطالعه بیوانفورماتیکی. International Journal of Reproductive BioMedicine. 1404; 23 (11) :897-910
چکیده: (48 مشاهده)
مقدمه: سقط مکرر خودبهخودی 5-1% از زنان در سن باروری را تحت تأثیر قرار میدهد و یک مسئله مهم بهداشتی است. علیرغم پیشرفت در درک ما از RSA، مکانیسمهای مولکولی اساسی آن هنوز به طور کافی تعریف نشدهاند. بررسی ژنهای با بیان متفاوت (DEGs) در RSA ممکن است بینشهای ضروری در مورد پاتوفیزیولوژی بیماری ارائه دهد و شناسایی اهداف بهبودبخش جدید را ممکن سازد.
هدف: هدف این مطالعه شناسایی ژنهای کلیدی متفاوتبیانشده، بررسی شبکههای تعامل آنها و کشف تنظیمکنندههای هاب احتمالی در بافتهای دسیدوا و ویلس در نمونههای RSA در مقایسه با نمونههای کنترل بود.
مواد و روش ها: در این مطالعه بیوانفورماتیکی، دادههای RNA seq شامل GSE113790 (دسیدوا) و GSE121950 (ویلس) از پایگاه داده GEO با استفاده از ماتریسهای شمارشی همتراز Illumina تحلیل شد. اصلاحهای دقیق برای دادههای دستهای با استفاده از SVA انجام شد و سپس تحلیل بیان متفاوت با DESeq2 با آستانههای |log₂FC| ≥ 2 و 05/0 FDR < صورت گرفت. شبکه تعامل پروتئین-پروتئین با اعتماد بالا STRING (7/0 <confidence) ساخته شد و آنالیز غنیسازی عملکردی انجام گرفت. ژنهای هاب با استفاده از الگوریتمهای MCC، DMNC و MNC در CytoHubba شناسایی شدند و بیان برترین کاندیدها در دادههای ادغامشده بهصورت تصویری نمایش داده شد.
نتایج: پس از اصلاح و ادغام دادهها، ۱۱۴ ژن کدکننده پروتئین متفاوتبیانشده شامل ۳۰ ژن افزایشی و ۸۴ ژن کاهشی شناسایی شدند. شبکه تعامل پروتئین- پروتئین (۱۰۱ گره، ۱۱۶ یال) بهطور معنیداری نسبت به انتظار تصادفی غنیسازی شد (16-12 × 1 > p). تحلیل غنیسازی فرآیندهای مرتبط با سیستم ایمنی از جمله شیمیکشتی نوتروفیل و سیگنالینگ واسطه سیتوکینها را برجسته ساخت. تحلیل متقاطع الگوریتمها NR4A1 و FOSB را بهعنوان ژنهای هاب مشترک نشان داد که هر دو بهطور معنیداری در سقط مکرر خودبهخودی کاهش بیان داشتند (10-40 × 46/2 = p_adj، 96/2- = FOSB: log₂FC، 10-20 × 78/4 = p_adj، 15/2- = NR4A1: log₂FC).
نتیجه گیری: رویکرد یکپارچه ما، اختلال عملکرد مولکولی محور ایمنی را در سقط مکرر خودبهخودی مشخص میکند و NR4A1 و FOSB را به عنوان ژنهای تنظیمی مرکزی که ممکن است پاتوژنز بیماری را هدایت کنند، برجسته میکند. این یافتهها راه را برای اعتبارسنجی تجربی و مطالعات عملکردی که سیگنالینگ تروفوبلاست ایمنی را هدف قرار میدهند، هموار میکند تا استراتژیهای تشخیصی و درمانی را در سقط مکرر خودبهخودی ارائه دهد.
هدف: هدف این مطالعه شناسایی ژنهای کلیدی متفاوتبیانشده، بررسی شبکههای تعامل آنها و کشف تنظیمکنندههای هاب احتمالی در بافتهای دسیدوا و ویلس در نمونههای RSA در مقایسه با نمونههای کنترل بود.
مواد و روش ها: در این مطالعه بیوانفورماتیکی، دادههای RNA seq شامل GSE113790 (دسیدوا) و GSE121950 (ویلس) از پایگاه داده GEO با استفاده از ماتریسهای شمارشی همتراز Illumina تحلیل شد. اصلاحهای دقیق برای دادههای دستهای با استفاده از SVA انجام شد و سپس تحلیل بیان متفاوت با DESeq2 با آستانههای |log₂FC| ≥ 2 و 05/0 FDR < صورت گرفت. شبکه تعامل پروتئین-پروتئین با اعتماد بالا STRING (7/0 <confidence) ساخته شد و آنالیز غنیسازی عملکردی انجام گرفت. ژنهای هاب با استفاده از الگوریتمهای MCC، DMNC و MNC در CytoHubba شناسایی شدند و بیان برترین کاندیدها در دادههای ادغامشده بهصورت تصویری نمایش داده شد.
نتایج: پس از اصلاح و ادغام دادهها، ۱۱۴ ژن کدکننده پروتئین متفاوتبیانشده شامل ۳۰ ژن افزایشی و ۸۴ ژن کاهشی شناسایی شدند. شبکه تعامل پروتئین- پروتئین (۱۰۱ گره، ۱۱۶ یال) بهطور معنیداری نسبت به انتظار تصادفی غنیسازی شد (16-12 × 1 > p). تحلیل غنیسازی فرآیندهای مرتبط با سیستم ایمنی از جمله شیمیکشتی نوتروفیل و سیگنالینگ واسطه سیتوکینها را برجسته ساخت. تحلیل متقاطع الگوریتمها NR4A1 و FOSB را بهعنوان ژنهای هاب مشترک نشان داد که هر دو بهطور معنیداری در سقط مکرر خودبهخودی کاهش بیان داشتند (10-40 × 46/2 = p_adj، 96/2- = FOSB: log₂FC، 10-20 × 78/4 = p_adj، 15/2- = NR4A1: log₂FC).
نتیجه گیری: رویکرد یکپارچه ما، اختلال عملکرد مولکولی محور ایمنی را در سقط مکرر خودبهخودی مشخص میکند و NR4A1 و FOSB را به عنوان ژنهای تنظیمی مرکزی که ممکن است پاتوژنز بیماری را هدایت کنند، برجسته میکند. این یافتهها راه را برای اعتبارسنجی تجربی و مطالعات عملکردی که سیگنالینگ تروفوبلاست ایمنی را هدف قرار میدهند، هموار میکند تا استراتژیهای تشخیصی و درمانی را در سقط مکرر خودبهخودی ارائه دهد.
نوع مطالعه: Original Article |
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
