چهارشنبه 29 مرداد 1404
[Archive]
دوره 23، شماره 5 - ( 2-1404 )
جلد 23 شماره 5 صفحات 436-425 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Sianturi M, Syaifulanwar A, Darmawi D, Adikusuma W, Muhammad Irham L, Yusuf M, et al . Transcriptomic-based analysis of endometrial tissues from adenomyosis patients reveals significant inflammation biomarkers: A bioinformatics study. IJRM 2025; 23 (5) :425-436
URL: http://ijrm.ir/article-1-3514-fa.html
URL: http://ijrm.ir/article-1-3514-fa.html
تجزیه و تحلیل مبتنی بر ترانسکریپتومیک بافت‌های آندومتر از بیماران آدنومیوز، نشانگرهای زیستی التهابی قابل توجهی را نشان می‌دهد: یک مطالعه بیوانفورماتیک. International Journal of Reproductive BioMedicine. 1404; 23 (5) :425-436
چکیده: (205 مشاهده)
مقدمه: آدنومیوز یک اختلال زنان و زایمان است که با وجود بافت آندومتر در میومتر مشخص می‌شود و میزان بروز آن در بین زنان در سن باروری بین 65-10% متغیر است.
هدف: در این مطالعه از تجزیه و تحلیل ترانسکریپتومیک برای شناسایی نشانگرهای زیستی قابل توجه مرتبط با التهاب در بافت آندومتر متعلق به بیماران مبتلا به آدنومیوز استفاده شد.
مواد و روش ها: در این مطالعه بیوانفورماتیک، ما از مجموعه داده‌های ترانسکریپتومیک در دسترس عموم استفاده کردیم. این تحقیق شامل تجزیه و تحلیل سیستماتیک داده‌های توالی‌یابی RNA به دست آمده از پایگاه داده NCBI-GEO بود. با استفاده از یک پایگاه داده توالی‌یابی RNA با توان عملیاتی بالا از GSE190580 و GSE157718، پروفایل‌های بیان ژن را بین بافت‌های آندومتر بیماران آدنومیوز و افراد سالم مقایسه کردیم. متعاقباً، مسیرهای دخیل در آدنومیوز از طریق دایره‌المعارف ژن‌ها و ژنوم‌های کیوتو Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes و هستی‌شناسی ژن gene ontology مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند.
نتایج: تجزیه و تحلیل مسیر، نشاندهنده انحراف مسیرهای مرتبط با التهاب، از جمله سیگنالینگ فاکتور نکروز تومور (TNF) و پروتئین 1 مرتبط با Ras بود. علاوه بر این، تجزیه و تحلیل هستی‌شناسی ژن، فرآیندهای بیولوژیکی کلیدی، مانند تمایز ماکروفاژ و سازماندهی ماتریکس خارج سلولی را که در پاسخ التهابی در آدنومیوز نقش اساسی دارند، آشکار کرد. نشانگرهای زیستی کاندید، از جمله پروتئین کینازهای غشایی، به عنوان اهداف درمانی بالقوه شناسایی شدند. ما 5 ژن برتر که در التهاب در آدنومیوز نقش دارند، از جمله پروتئین 6 القا شده توسط TNF-α، متالوپروتئیناز ماتریکس 7، پروتئین 3 القا شده توسط TNF-α، فاکتور مهارکننده لوسمی و کیناز 1 تنظیمشده توسط سرم و گلوکوکورتیکوئید را یافتیم. اهمیت آماری با 05/0 > p تعدیل شده تعیین شد.
نتیجه گیری: این یافته‌ها درک ما را از مکانیسم‌های مولکولی آدنومیوز افزایش می‌دهد و نشانگرهای زیستی جدیدی را برای استراتژی‌های تشخیصی و درمانی مؤثرتر پیشنهاد می‌کند.
هدف: در این مطالعه از تجزیه و تحلیل ترانسکریپتومیک برای شناسایی نشانگرهای زیستی قابل توجه مرتبط با التهاب در بافت آندومتر متعلق به بیماران مبتلا به آدنومیوز استفاده شد.
مواد و روش ها: در این مطالعه بیوانفورماتیک، ما از مجموعه داده‌های ترانسکریپتومیک در دسترس عموم استفاده کردیم. این تحقیق شامل تجزیه و تحلیل سیستماتیک داده‌های توالی‌یابی RNA به دست آمده از پایگاه داده NCBI-GEO بود. با استفاده از یک پایگاه داده توالی‌یابی RNA با توان عملیاتی بالا از GSE190580 و GSE157718، پروفایل‌های بیان ژن را بین بافت‌های آندومتر بیماران آدنومیوز و افراد سالم مقایسه کردیم. متعاقباً، مسیرهای دخیل در آدنومیوز از طریق دایره‌المعارف ژن‌ها و ژنوم‌های کیوتو Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes و هستی‌شناسی ژن gene ontology مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند.
نتایج: تجزیه و تحلیل مسیر، نشاندهنده انحراف مسیرهای مرتبط با التهاب، از جمله سیگنالینگ فاکتور نکروز تومور (TNF) و پروتئین 1 مرتبط با Ras بود. علاوه بر این، تجزیه و تحلیل هستی‌شناسی ژن، فرآیندهای بیولوژیکی کلیدی، مانند تمایز ماکروفاژ و سازماندهی ماتریکس خارج سلولی را که در پاسخ التهابی در آدنومیوز نقش اساسی دارند، آشکار کرد. نشانگرهای زیستی کاندید، از جمله پروتئین کینازهای غشایی، به عنوان اهداف درمانی بالقوه شناسایی شدند. ما 5 ژن برتر که در التهاب در آدنومیوز نقش دارند، از جمله پروتئین 6 القا شده توسط TNF-α، متالوپروتئیناز ماتریکس 7، پروتئین 3 القا شده توسط TNF-α، فاکتور مهارکننده لوسمی و کیناز 1 تنظیمشده توسط سرم و گلوکوکورتیکوئید را یافتیم. اهمیت آماری با 05/0 > p تعدیل شده تعیین شد.
نتیجه گیری: این یافته‌ها درک ما را از مکانیسم‌های مولکولی آدنومیوز افزایش می‌دهد و نشانگرهای زیستی جدیدی را برای استراتژی‌های تشخیصی و درمانی مؤثرتر پیشنهاد می‌کند.
نوع مطالعه: Original Article |
فهرست منابع
1. Moraru L, Mitranovici MI, Chiorean DM, Moraru R, Caravia L, Tiron AT, et al. Adenomyosis and its possible malignancy: A review of the literature. Diagnostics (Basel) 2023; 13: 1883. [DOI:10.3390/diagnostics13111883] [PMID] [PMCID]
2. Wong S, Ray Jr ChE. Adenomyosis: An overview. Semin Intervent Radiol 2022; 39: 119-122. [DOI:10.1055/s-0042-1742345] [PMID] [PMCID]
3. Exacoustos C, Morosetti G, Conway F, Camilli S, Martire FG, Lazzeri L, et al. New sonographic classification of adenomyosis: Do type and degree of adenomyosis correlate to severity of symptoms? J Minim Invasive Gynecol 2020; 27: 1308-1315. [DOI:10.1016/j.jmig.2019.09.788] [PMID]
4. Putra MFA, Audila Anggraini M. Adenomyosis: Diagnosis and treatment. J Biol Tropis 2022; 23: 1462-1473. [DOI:10.29303/jbt.v22i4.4315]
5. Hou X, Xing J, Shan H, Mei J, Sun Y, Yan G, et al. The effect of adenomyosis on IVF after long or ultra-long GnRH agonist treatment. Reprod Biomed Online 2020; 41: 845-853. [DOI:10.1016/j.rbmo.2020.07.027] [PMID]
6. Sengupta P, Sharma A, Mazumdar G, Banerjee I, Tripathi SK, Bagchi C, et al. The possible role of fluoxetine in adenomyosis: An animal experiment with clinical correlations. J Clin Diagn Res 2013; 7: 1530-1534. [DOI:10.7860/JCDR/2013/5654.3128] [PMID] [PMCID]
7. Li W, Shao Ch, Liang J. Effects of Shixiao Huoxue decoction on pain, tumor necrosis factor-α, and interleukin-8 in patients with adenomyosis. Am J Transl Res 2024; 16: 584-591. [DOI:10.62347/VQVR4400] [PMID] [PMCID]
8. Zhai J, Vannuccini S, Petraglia F, Giudice LC. Adenomyosis: Mechanisms and pathogenesis. Semin Reprod Med 2020; 38: 129-143. [DOI:10.1055/s-0040-1716687] [PMID] [PMCID]
9. Burla L, Kalaitzopoulos DR, Metzler JM, Scheiner D, Imesch P. Popularity of endocrine endometriosis drugs and limited alternatives in the present and foreseeable future: A survey among 1420 affected women. Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol 2021; 262: 232-238. [DOI:10.1016/j.ejogrb.2021.05.040] [PMID]
10. Agostinho L, Cruz R, Osório F, Alves J, Setúbal A, Guerra A. MRI for adenomyosis: A pictorial review. Insights Imaging 2017; 8: 549-556. [DOI:10.1007/s13244-017-0576-z] [PMID] [PMCID]
11. Perez-Riverol Y, Zorin A, Dass G, Vu MT, Xu P, Glont M, et al. Quantifying the impact of public omics data. Nat Commun 2019; 10: 3512. [DOI:10.1038/s41467-019-11461-w] [PMID] [PMCID]
12. Bae SJ, Jo Y, Cho MK, Jin JS, Kim JY, Shim J, et al. Identification and analysis of novel endometriosis biomarkers via integrative bioinformatics. Front Endocrinol 2022; 13: 942368. [DOI:10.3389/fendo.2022.942368] [PMID] [PMCID]
13. Wang T, Jiang R, Yao Y, Qian L, Zhao Y, Huang X. Identification of endometriosis-associated genes and pathways based on bioinformatic analysis. Medicine (Baltimore) 2021; 100: e26530. [DOI:10.1097/MD.0000000000026530] [PMID] [PMCID]
14. Liu D, Yin X, Guan X, Li K. Bioinformatic analysis and machine learning to identify the diagnostic biomarkers and immune infiltration in adenomyosis. Front Genet 2023; 13: 1082709. [DOI:10.3389/fgene.2022.1082709] [PMID] [PMCID]
15. AlAshqar A, Reschke L, Kirschen GW, Borahay MA. Role of inflammation in benign gynecologic disorders: From pathogenesis to novel therapies. Biol Reprod 2021; 105: 7-31. [DOI:10.1093/biolre/ioab054] [PMID] [PMCID]
16. Guo F, Yuan Y. Tumor necrosis factor alpha-induced proteins in malignant tumors: Progress and prospects. Onco Targets Ther 2020; 13: 3303-3318. [DOI:10.2147/OTT.S241344] [PMID] [PMCID]
17. Zhang YL, Wang RC, Cheng K, Ring BZ, Su L. Roles of Rap1 signaling in tumor cell migration and invasion. Cancer Biol Med 2017; 14: 90-99. [DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2016.0086] [PMID] [PMCID]
18. Vercellini P, Viganò P, Somigliana E, Daguati R, Abbiati A, Fedele L. Adenomyosis: Epidemiological factors. Best Pract Res Clin Obstet Gynaecol 2006; 20: 465-477. [DOI:10.1016/j.bpobgyn.2006.01.017] [PMID]
19. Zhang D, Yu Y, Duan T, Zhou Q. The role of macrophages in reproductive-related diseases. Heliyon 2022; 8: e11686. [DOI:10.1016/j.heliyon.2022.e11686] [PMID] [PMCID]
20. Luddi A, Marrocco C, Governini L, Semplici B, Pavone V, Luisi S, et al. Expression of matrix metalloproteinases and their inhibitors in endometrium: High levels in endometriotic lesions. Int J Mol Sci 2020; 21: 2840. [DOI:10.3390/ijms21082840] [PMID] [PMCID]
21. Laganà AS, Garzon S, Götte M, Viganò P, Franchi M, Ghezzi F, et al. The pathogenesis of endometriosis: Molecular and cell biology insights. Int J Mol Sci 2019; 20: 5615. [DOI:10.3390/ijms20225615] [PMID] [PMCID]
22. Nagyova E. The biological role of hyaluronan-rich oocyte-cumulus extracellular matrix in female reproduction. Int J Mol Sci 2018; 19: 283. [DOI:10.3390/ijms19010283] [PMID] [PMCID]
23. Kaczorowska A, Miękus N, Stefanowicz J, Adamkiewicz-Drożyńska E. Selected matrix metalloproteinases (MMP-2, MMP-7) and their inhibitor (TIMP-2) in adult and pediatric cancer. Diagnostics (Basel) 2020; 10: 547. [DOI:10.3390/diagnostics10080547] [PMID] [PMCID]
24. Chen J, Ma Y, Yang Z. TNFAIP3 ameliorates the degeneration of inflammatory human nucleus pulposus cells by inhibiting mTOR signaling and promoting autophagy. Aging (Albany NY) 2020; 12: 24242-24254. [DOI:10.18632/aging.104160] [PMID] [PMCID]
25. Zutautas KB, Sisnett DJ, Miller JE, Lingegowda H, Childs T, Bougie O, et al. The dysregulation of leukemia inhibitory factor and its implications for endometriosis pathophysiology. Front Immunol 2023; 14: 1089098. [DOI:10.3389/fimmu.2023.1089098] [PMID] [PMCID]
26. Han X, Ren J, Lohner H, Yakoumatos L, Liang R, Wang H. SGK1 negatively regulates inflammatory immune responses and protects against alveolar bone loss through modulation of TRAF3 activity. J Biol Chem 2022; 298: 102036. [DOI:10.1016/j.jbc.2022.102036] [PMID] [PMCID]
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
